SARS-CoV-2 Variants
SARS-CoV-2 变种SARS-CoV-2 variants continue to surge throughout the world and thus it is critical that molecular diagnostics are able to accurately detect them.43 The smartphone-based LAMP assay detected genomic RNA isolated from 5 of 5 major SARS-CoV-2 variants tested: Alpha, B.1.1.7 (UK); Gamma, P.1 (Brazil); Delta, B.1.617.2 (India); Epsilon, B.1.429 (CAL20C); and Iota, B.1.526 (NY) (10 of 10 biological replicates; P?<?.001) (Figure 1B). None of the base alterations present in these variants overlapped with any of the smartphone-based LAMP assay primer sequences. Thus, it was not unexpected that the base alterations did not affect smartphone-based LAMP detection of the variants (eTable 2 in the Supplement).
SARS-CoV-2 变体在世界范围内继续激增,因此分子诊断能够准确检测到它们至关重要 。43基于智能手机的 LAMP 检测检测到从 5 种主要 SARS-CoV-2 变体中的 5 种分离的基因组 RNA:Alpha,B.1.1.7(英国);伽玛,P.1(巴西);三角洲,B.1.617.2(印度);厄普西隆,B.1.429 (CAL20C);和 Iota, B.1.526 (NY)(10 个生物重复中的 10 个;P ?< .001)(图 1 B) 。这些变体中存在的任何碱基改变都没有与任何基于智能手机的 LAMP 检测引物序列重叠 。因此,碱基改变不影响基于智能手机的 LAMP 检测变体也就不足为奇了(补充中的 eTable 2 ) 。Influenza A and B Sensitivity
throughout the world 全世界 ; 举世
diagnostics 诊断学
able to 可以 ; 有能力 ; 原来能够按时完成
RNA (= ribonucleic acid ) 核糖核酸
replicates 复制 ; 仿制 ; 再造 ; 再生 ; 自我复制 ; replicate的第三人称单数和复数
overlapped 部分重叠,交叠 ; 使部分重叠 ; 部分重叠 ; overlap的过去分词和过去式
did not 没有 ; 未 ; 的缩写
甲型和乙型流感敏感性

文章插图
A comparative LOD analysis of the smartphone-based LAMP assay platform vs the clinical criterion-standard CDC influenza SARS-CoV-2 (Flu SC2) RT-qPCR multiplex assay25 also was evaluated using spiked saliva samples and either influenza A or influenza B primers (Figure 1C). The LOD of smartphone-based LAMP assay matched that of Flu SC2 RT-qPCR test for influenza A (2.8?×?102 TCID50/mL) and exceeded that for influenza B (0.8 vs 40 TCID50/mL) (19 of 20 biological replicates). Unspiked saliva samples from virus-negative donors gave no amplification with either influenza A or B primers (0 of 20 biological replicates; P?<?.001).
基于智能手机的 LAMP 检测平台与临床标准 CDC 流感 SARS-CoV-2 (Flu SC2) RT-qPCR 多重检测的 LOD 比较分析25还使用加标的唾液样本和甲型流感或乙型流感引物进行了评估(图1C) 。基于智能手机的 LAMP 检测的 LOD 与 Flu SC2 RT-qPCR 检测 A 型流感(2.8 × 10 2 TCID 50 /mL)相匹配,超过了 B 型流感(0.8 vs 40 TCID 50 /mL)(20 个生物中的 19 个)复制) 。来自病毒阴性供体的未加标的唾液样本无论用甲型流感还是乙型流感引物都没有扩增(20 个生物学重复中的 0 个;P ?< .001) 。Influenza A and B Specificity
multiplex 多路复用 ; 多路传输 ; 多重发讯 ; 多厅影院 ; 多银幕电影院 ; 多样的 ; 多路传输的 ; 多路复用的 ; 多元的
spiked 有尖刺的 ; 带钉的 ; 用尖物刺入 ; 在…中偷偷掺入 ; 拒绝发表 ; 阻止…传播 ; 阻挠 ; spike的过去分词和过去式
saliva 唾液
primers 底漆 ; 底层涂料 ; 初级读本 ; 入门书 ; 识字课本 ; 启蒙读本 ; primer的复数
TCID50 半数组织培养感染剂量 ; 50%组织细胞感染量
replicates 复制 ; 仿制 ; 再造 ; 再生 ; 自我复制 ; replicate的第三人称单数和复数
甲型和乙型流感特异性

文章插图
Smartphone-based LAMP assay specificity for influenza A or B was evaluated as previously mentioned using either influenza A or B primers with spiked saliva samples (Figure 1D). The smartphone-based LAMP assay amplified influenza A or B viruses when using cognate influenza A or B primers (20 of 20 biological replicates), whereas no amplification was observed with any of the 8 coronaviruses or 4 bacterial pathogens tested (0 of 20 biological replicates; P?<?.001).
如前所述,使用带有加标唾液样本的甲型或乙型流感引物评估基于智能手机的 LAMP 检测对甲型或乙型流感的特异性(图 1 D) 。基于智能手机的 LAMP 检测在使用同源甲型或乙型流感病毒引物(20 个生物重复中的 20 个)时扩增了甲型或乙型流感病毒,而测试的 8 种冠状病毒或 4 种细菌病原体中的任何一种均未观察到扩增(20 个生物重复中的 0 个) ; P ?< .001) 。
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